El lateral español fue retirado del juego en la primera parte de la victoria por 1-0, antes de ser evaluado por el equipo médico del club el viernes.
El doctor de los Wolves, Matt Perry, dijo: "En la primera mitad del partido con el Olympiacos Jonny sufrió una lesión en su rodilla derecha.
"Ayer un escaneo confirmó la primera impresión clínica de una lesión del ligamento cruzado anterior que requerirá una intervención quirúrgica.
"Esto ha sido acordado y todo el equipo desea a Jonny que se recupere."
El joven defensa Lewis Richards se unirá a la plantilla del primer equipo en su viaje a Alemania mañana por la tarde, antes del partido de cuartos de final del martes contra el Sevilla.